1、子宫内膜种植学说：Sampson最早提出月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入腹腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜，并继发生长和蔓延，发展成子宫内膜异位症。有生殖道畸形或梗阻的妇女常并发子宫内膜异位症，说明经血逆流可致子宫内膜种植。腹壁刀口子宫内膜异位或分娩后会阴伤口出现子宫内膜异位症，是手术者将子宫内膜带至切口造成医源性种植。
2、淋巴及静脉播散学说：在盆腔静脉或淋巴结中发现子宫内膜组织存在支持该论点。并认为远离盆腔部位的器官如肺、手、大腿的皮肤和肌肉发生的子宫内膜异位可能是淋巴或静脉播散的结果。
3、体腔上皮化生学说：卵巢的生发上皮、盆腔腹膜、胸膜均起源于体腔上皮淋巴及静脉播散，反复受经血、激素或慢性炎症的刺激可以化生为子宫内膜样组织，形成子宫内膜异位症。
4、免疫学说：有人认为在妇女免疫功能正常的情况下，月经期经输卵管流入腹腔的内膜细胞为主的局部免疫系统所杀灭，若局部免疫功能不足或逆流腹腔内的内膜细胞数量过多时，免疫细胞不足以将杀灭，即发生子宫内膜异位症。也有报道子宫内膜异位症患者有红斑狼疮或其它自身免疫疾病史者为无该病患者的两倍。从实验结果表明，在子宫内膜异位症患者血清中lgG及抗子宫内膜自身抗体较对照组明显增加，其子宫内膜中的lgG及补体C3沉积率亦高于正常妇女，故认为子宫内膜异位症可能是一种自身免疫性疾病。目前认为子宫内膜异位症患者既可有体液免疫，即B细胞应答反应增强，亦可有细胞免疫，即T细胞免疫功能不足。上述免疫功能的异常是内膜异位的原因，还是内膜异位的结果仍有待确定。
5、遗传因素：Simpson提出子宫内膜异位症患者一级亲代(女性)中患有同病者，明显高于对照组，然而并未有发现与该病相关的特异性HLA抗原存在。
子宫内膜异位的人为因素
1、人工流产手术，子宫腔与盆腔、腹腔的压力不平衡，子宫内膜组织被吸入盆腔和腹腔。
2、剖腹产手术，子宫内膜组织随羊水可能留在手术切口处和盆、腹腔各处，一旦时机成熟，子宫内膜就会生长。
3、经血逆流、阴道闭锁粘连，子宫内膜组织不能随经血顺利地排出，就只好从输卵管逆流向盆腔和腹腔。
4、多次生产，子宫内膜层的损伤使子宫内膜组织可以到达子宫肌层，为形成一种特殊的子宫内膜异位症——子宫腺肌症提供方便。
子宫内膜异位预防保健：
子宫内膜异位症患者多为阳虚体质，四肢及小腹怕冷易凉，月经期间更为严重，同时部分患者性格不开朗，长期处于郁闷情绪中，加上某些诱因，使寒邪与气滞相搏结，形成瘀血与寒邪相搏结与子宫中，形成“子宫内膜异位症”，因此针对病因进行预防是防止子宫内膜异位症发生的关键，应该注意以下几点：
1、注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，所谓“正气内存，邪不可干”就是这个道理。
2、要注意自身保暖，避免感寒着凉。
3、月经期间，禁止一切激烈体育运动及重体力劳动。
4、如果已查处患有子宫内膜异位症，卵巢巧克力囊肿大于7厘米以上者，在月经期或月经中期一定要注意保持情绪稳定，避免过度劳累。一旦囊腔内张力突然升高时，囊壁破裂，会形成急腹症。
5、尽量少做人工流产和刮宫，做好计划生育。
6、月经期一定要做好自己的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变。
7、女孩子青春期要避免受惊吓，以免导致闭经或形成溢流。
8、女性月经期一定杜绝性生活。
9、防治经血逆流。
10、预防子宫内膜异位症避免手术操作引起的内膜种植。
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